Anatomi merupakan salah satu cabang dari Ilmu Hayati yang mempelajari organ-organ dalam suatu organisme. Anatomi suatu spesies ikan sangat penting untuk diketahui karena merupakan dasar dalam mempelajari jaringan tubuh, morfologi, sistematika, dan sebagainya.
Beberapa istilah anatomi ikan yang sering ditemukan adalah:
Abdominal: ke arah dalam perut
Anterior: ke arah muka
Caudal: ke arah ekor
Cranial: ke arah kepala
Dexter: sebelah kanan
Distal: menjauhi arah batang tubuh
Dnferior: ke arah bawah (bawah)
Dorsal: ke arah punggung
Lateral: ke arah sisi/samping
Medial: ke arah tengah
Posterior: ke arah belakang
Proximal: mendekati arah batang tubuh
Sinister: sebelah kiri
Superior: ke arah atas (atas)
Ventral: ke arah perut
Thoracal: ke arah dada
Selain itu badan ikan dapat dibagi atas bidang-bidangnya sebagai berikut:
Bidang median, yaitu bidang yang dimana jalannya memotong garis tengah dan berjalan mulai dari bagian dorsal hingga ke ventral
Bidang sagittal, yaitu bidang yang dimana jalannya sejajar dengan bidang median, berada disebelah kanan dan kiri garis tengah
Bidang frontal, yaitu bidang yang dimana jalannya tegak lurus antara bidang median dan memotong bidang median dengan sudut 90ยบ dari cranial ke caudal
Bidang transversal, yaitu bidang yang dimana jalannya tegak lurus dengan bidang frontal