Sebenarnya penyakit ikan jarang terjadi pada aquarium yang terawat dengan baik. Penyakit dalam pada ikan berbeda dengan penyakit luar. Pada penyakit luar bisa dideteksi dengan adanya perubahan pada kulit, sirip, ekor dan tubuh ikan.Dengan pengalaman, observasi yang baik penyakit luar ini dapat dideteksi pada tahap awal. Sebelum penyakit berlanjut dan kondisi ikan melemah segera berikan pengobatan sehingga ikan akan kembali sehat. Penyakit dalam lebih susah untuk dideteksi akan tetapi penyakit dalam juga menunjukkan gejala-gejala yang bisa dideteksi seperti nafsu makan menurun, gaya berenang yang tidak beraturan, malas, perubahan warna dan cenderung gelap sehingga dengan tanda-tanda ini kita bisa segera mengambil langkah-langkah pengobatan
Flagellate sangat berbeda kelasnya dengan mikroorganisme bersel tunggal (unicellular microorganism). Beberapa jenis sangat kecil ada yang lebih besar dari bakteri dan hanya mempunyai satu atau beberapa flagella. Beberapa spesiesnya begitu besar sehingga bisa dilihat dengan mata telanjang. Hampir semua flagellate tidak berbahaya akan tetapi beberapa dari flagellata untuk berevolusi berkembang menjadi parasit.
a. Oodinium ( velvet )
Oodinium merupakan kasus spesial yang terjadi diantara parasit ikan bersel tunggal karena organisme ini merupakan “vegetal origin” itulah mengapa ia disebut dinoflagellate. Pada tahap awal ikan menggosokkan badannya pada dasar atau benda-benda di dalam aquarium. Penyakit ini akan semakin jelas apabila penyebarannya semakin luas. Infeksi pada aquarium air tawar biasanya disebabkan oleh oodinium pillularis dan oodinium ocellatum pada aquarium air laut. Karena oodinium pada kulit ikan yang terinfeksi akan timbul titik putih kekuning-kuningan. Patogennya ada pada kulit dan akan berkembang maksimal dengan ukuran 0.3 mm, lebih kecil dari ichtyopthirius. Oodinium awalnya timbul pada sirip ikan dan seterusnya menyebar pada tubuh ikan. Pada tahap selanjutnya pada tubuh ikan seperti ditaburi oleh tepung. Kemudian bagian kecil pada kulit ikan akan mengelupas dan mata ikan akan seperti berkabut. Pengobatan biasanya dengan obat2an ikan yang mengandung tembaga.
b. Costia
Costia necatrix, flagellate berbentuk biji2an ini menyebabkan beberapa daerah kecil pada kulit ikan menjadi berwarna putih seperti susu. Costia merupakan parasit sekunder yang bisa berreproduksi dengan baik apabila kondisi ikan stress atau daya tahan menurun. Parasit ini hidup dan mendapat makan dari selaput lendir ikan, apabila dalam beberapa waktu tidak ada ikan untuk tempat hidup maka parasit ini akan mati. Jika parasit ini sudah menyebar maka beberapa bagian besar kulit ikan akan hancur dan menyebabkan kematian bagi si ikan
c. Intestinal Flagellata
Beberapa genus dari flagellata dapat beradaptasi dan hidup di dalam usus ikan. Mereka hidup dengan memakan makanan yang dikonsumsi ikan sebelum dicerna. Banyak spesies ikan tidak terganggu dengan adanya mereka. Banyak spesies siklid menunjukkan gejala-gejala intestinal flagellata bila ada faktor -faktor yang dapat memperlemah ikan seperti makanan yang tidak cukup baik, kekurangan mineral atau vitamin dan stress. Warna ikan menjadi gelap dan kehilangan nafsu makan. Intestinal flagellata berkembang dengan baik jika ikan diberi makanan yang kurang baik.pemberian daging hewan berdarah panas mempercepat pertumbuhan intestinal flagellata. jika intestinal flagellata berkembang banyak di dalam usus menyebabkan ikan kehilangan berat dan sirip ikan seperti membusuk. Ikan menjadi kekurangan nutrisi, vitmain dan mineral karena flagellata telah mengambilnya.Biasanya usus ikan yang telah infeksi tidak hanya disebabkan oleh flagellata tapi juga oleh beberapa jenis motile bacteria. Jika ikan stress, daya tahan terhadap penyakit menurun organisme patogen bisa berreproduksi dengan sangat cepat dan konsekuensinya ikan menjadi tidak sehat dan berak putih.