Pada tahun 1585, Spanyol yang dipimpin oleh Raja Philip II (Jordi Mollà) adalah Kerajaan paling berkuasa di Dunia, dia adalah Raja penganut Katolik taat yang telah menceburkan Eropa ke dalam Perang Suci. Hanya Inggris yang dipimpin oleh seorang Ratu penganut Protestan, Elizabeth (Cate Blanchett), yang berdiri melawannya. Philip berencana untuk mengambil alih Inggris, dan menjadikan putrinya Isabella sebagai Ratu Inggris.
Di Inggris, Elizabeth yang didorong untuk segera menikah oleh penasihatnya, Walsingham (Geoffrey Rush), karena kalau dia sudah tua dan tidak memiliki anak, takhtanya akan diserahkan kepada kerabat kerajaan berikutnya, Mary (Samantha Morton), Ratu Skotlandia yang di penjara di Istana Fotheringhay. Elizabeth dihadirkan dengan potret-potret pelamar dirinya yang tepat, tapi dia menolak untuk menikah, terutama untuk Penguasa dari Austria, Archduke Charles (Kristen Brassington), yang sangat tergila-gila dengan-Nya.
Walter Raleigh (Clive Owen) juga hadir ditempat tersebut. Setelah dia kembali dari petualangannya di Dunia Baru, dia membawa hadiah untuk Ratu yaitu; kentang, dimana dia mengatakan sangat bergizi untuk dimakan; tembakau, yang dikatakan sangat menggairahkan saat dihirup; dua penduduk asli Amerika; dan emas dari kapal Spanyol yang diklaim tak mampu menyelesaikan perjalanan. Elizabeth memerintahkan bahwa penduduk asli Amerika harus diperlakukan dengan baik, dan menolak untuk menerima emas dari Raleigh.
Elizabeth kemudian tertarik dengan Raleigh, terpesona oleh kisah-kisah petualangan yang diceritakannya, dan meminta dayangnya, Bess (Abbie Cornish), wanita yang juga menyukai Raleigh, untuk mengamatinya. Bess juga mengetahui kalau Raleigh tertarik dengannya dan diam-diam mulai melakukan hubungan dengannya.
Elizabeth kemudian mencari bimbingan dari seorang peramal, Dr Dee (David Threlfall) yang memprediksi bahwa dua kerajaan akan segera berperang. Namun, ia tidak bisa memprediksi kerajaan mana yang menang dan kerajaan mana yang jatuh.
Di London, Serikat Jesus telah bersekongkol dengan Philip untuk membunuh Elizabeth, dan serikat tersebut berencana menggantikannya dengan Mary (padahal Philip ingin anaknya yang menggantikan Elizabeth), dan Walsingham mengetahui rencana tersebut. Di penjara, Mary mengirim korespondensi rahasia lewat Serikat Jesus, yang merekrut Anthony Babington (Eddie Redmayne) untuk membunuh Elizabeth.
Walsingham terus memperingatkan Elizabeth atas kekuatan Spanyol untuk melawannya. Namun dia, tidak seperti pendahulunya, Mary I. Elizabeth menolak untuk memaksa rakyat-nya (setengah dari mereka tetap setia pada Katolik) untuk berbagi keyakinan-nya. Bahkan kemudian, mereka bersekongkol melawan Elizabeth yang sedang diburu dan dibunuh, termasuk sepupu Bess sendiri. Setelah mengetahui penyiksaan dan kematian sepupunya di tangan Walsingham, Bess mendekati Raleigh untuk kenyamanannya.
Disini juga diceritakan pertempuran yang diprakarsai Raja Phillip yang dipicu oleh Raleigh yang dianggapnya bajak laut dan terutama atas kematian Mary yang dianggap penerus tahta sah Kerajaan Inggris. Untuk selanjutnya silakan anda tonton sendiri.
