Kedudukan Samurai pada periode Kamakura demikian penting karena pada periode tersebut banyak terjadi pertempuran antara kelompok-kelompok keluarga yang menginginkan kekuasaan tertinggi sebagai Shogun. Seiring dengan semakin menguatnya kedudukan dan status para Samurai, maka semangat bushido yang terbentuk pada periode Kamakura semakin mantab dijalankan oleh para Samurai pada periode Muromachi (1333-1573), berlanjut pada periode Azuchi Momoyama (15731603) dan periode Edo (1603-1867).
Pada periode Muromachi yang masih sering terjadi pertempuran, menyebabkan para Samurai semakin besar perannya dalam pemerintahan keshogunan dan kemasyarakatan. Pertempuran sipil yang terjadi dipicu oleh perebutan kekuasaan di antara keluarga kekaisaran dan keikutsertaan para Shogun sebagai pendukung keluargakeluarga Kaisar tersebut. Shogun Ashikaga Takauji yang pada masa Kamakura berhasil menumbangkan kekuasaan Shogun Minamoto dan berhasil mengembalikan kekuasan kaisar Godaigo, pada perkembangan selanjutnya melakukan perlawanan terhadap kaisar Godaigo. Shogun Ashikaga Takauji kemudian mengangkat Kaisar Kamyo, sehingga muncul dua kekuasaan yaitu kekuasaan Kaisar Gogaigo yang memerintah di Yoshino (daerah Nara) yang terletak wilayah Selatan serta kekuasaan Kaisar Kamyo yang terpusat di Kyoto di wilayah Utara.
Perang Onin yang terjadi pada tahun 1467 disusul dengan pemberontakanpemberontakan di propinsi-propinsi, mengakibatkan menguatnya penguasapenguasa daerah atau para tuan tanah, yang memiliki otoritas kekuasaan sipil dan politis. Keadaan yang demikian ini memunculkan elite Daimyo, yang menguasai tanah-tanah di daerah dan masyarakat yang berdiam di daerah tersebut.
Pertentangan dan kekacauan yang dipicu oleh perebutan pengaruh dan kekuasaan semakin besar ketika bangsa Portugis masuk ke wilayah Jepang melalui pulau Tanageshima pada tahun 1543. Kedatangan bangsa Portugis di Jepang semakin memperkeruh suasana sebab bangsa Portugis memperkenalkan senjata api yang dapat segera dimanfaatkan dalam pertempuran-pertempuran sipil.
Di tengah suasana kacau ini pada tahun 1549 muncul bangsa Spanyol yang salah satu di antaranya adalah Francesco Kavier, seorang pemuka agama Katolik.Ia segera menyebarluaskan agama Katolik yang mendapat sambutan baik dari masyarakat Jepang termasuk para Daimyo. Kekacauan yang berlangsung lama mengancam persatuan Jepang.
Dalam kekacauan ini muncul seorang pemimpin perang yaitu Daimyo Oda Nobunaga yang berupaya mempersatukan Jepang. Upaya mempersatukan Jepang tidak mudah dan memakan waktu yang lama. Sebelum upayanya menyatukan Jepang berhasil, Oda Nobunaga tewas ketika berusaha memadamkan pemberontakan di propinsi-propinsi pada tahun 1582.
Pengganti Oda Nobunaga adalah Toyomi Hideyoshi yang Yang melanjutkan perjuangan Oda Nobunaga untuk mempersatukan Jepang. Upaya Toyomi Hideyoshi untuk mempersatukan Jepang berhasil pada tahun 1590. Selanjutnya setelah keadaan keamanan Jepang mulai stabil Toyomi Hideyoshi mulai berupaya menjajagi hubungan dengan Cina. Sambutan penguasa Cina dibawah kekuasaan dinasti Ming tidak memuaskan, bahkan penguasa Cina berusaha mengadakan perlawanan terhadap Jepang. Selain upaya untuk menglakukan invasi ke Cina, Jepang juga berusaha menguasai Korea pada tahun 1597, tapi usaha ini juga gagal. Bahkan Toyomi Hideyosti terbunuh pada tahun 1598 dalam upayanya menguasai Korea.
Gugurnya Toyomi Hideyoshi mengembalikan Jepang pada kondisi yang penuh pertentangan di antara para Daimyo untuk menggantikan kedudukan Toyomi Hideyoshi. Kondisi penuh kekacauan ini mencapai puncaknya pada pertempuran di Sekigawara (Gifu) pada tahun 1600. Kelompok Samurai yang dipimpin oleh Tokugawa memperoleh kemenangan dalam pertempuran di Sekigawara.
Kemenangan Tokugawa mengantarnya menjadi Shogun yang terkuat dan berkuasa setidaknya lebih dari 250 tahun. Tokugawa Ieyasu pada tahun 1603 mendirikan Keshogunan Tokugawa yang terpusat di Edo (Tokyo). Sejak Shogun Tokugawa berkuasa, maka pembabakan sejarah Jepang disebut sebagai periode Edo. Dari keluarga Tokugawa ada 15 orang Shogun yang berkuasa.Selama pasa pemerintahannya Tokugawa berusaha menciptakan kestabilan keamanan dan persatuan di Jepang.
Salah satu strategi Tokugawa menciptakan kestabilan politik adalah dengan memberlakukan politik isolasi (sakoku) pada tahun1639. Politik isolasi diberlakukan karena bangsa Barat yang menyebarkan agama Kristen dan Katolik dipandang dapat mempengaruhi rakyat dengan doktrin-doktrin yang mengatasnamakan dalil-dalil agama, seperti hak asasi manusia, demokrasi dan sebagainya. Perubahan keyakinan dan pemahaman masyarakat ini mengancam kedudukan Shogun. Pada prinsipnya politik isolasi ini adalah membatasi hubungan masyarakat Jepang dengan bangsa Barat. Walaupun ada aturan yang membatasi orang Jepang untuk melakukan perjalanan ke luar Jepang maupun orang asing masuk ke Jepang, tetapi dalam masa isolasi ini masih ada toleransi bagi orang Belanda dan Cina untuk melakukan perdagangan melalui pulau Deshima dan Nagasaki.
Selain memberlakukan politik isolasi, pemerintahan Shogun Tokugawa juga berupaya untuk menegakkan hukum serta memperketat batas dalam stratifikasi sosial masyarakat yang secara tegas memisahkan antara kelas Samurai dan kelas-kelas di bawahnya seperti petani, tukang dan pedagang. Pemisahan kelas secara tegas ini tidak memungkinkan orang berganti status ( Suryaohadiprojo, 1981).
Pada masa Tokugawa filsafat Konfusius dipelajari kembali dan diterapkan secara mendalam, untuk dijadikan dasar etika Samurai. Ajaran Konfusianisme yang menekankan penghormatan dan kesetiaan kepada orang tua (ko) di atas penghormatan kepada raja (penguasa), di jaman Tokugawa dikembangkan sebagai prinsip dasar yang utama untuk penghormatan kepada Tenno.
Etika bushido yang masa Tokugawa semakin mantap diterapkan oleh Samurai yang kemudian menjadi etika dasar kemasyarakat. Etika bushido yang semakin kuat ini berkembang dan meluas menjadi etika dasar bangsa Jepang sampai ke masa modern (Bellah, 1985 ).
Kondisi keamanan pada periode Edo yang relatif stabil menyebabkan para Samurai memiliki kesempatan yang luas untuk memantapkan ilmu beladiri diiringi dengan pengembangan seni-seni klasik yang berasal dari Cina seperti seni lukis, seni sastra, puisi, kaligrafi dan lain sebagainya. Selain mempelajari seni para Samurai juga memiliki kesempatan untuk memperdalan ilmu pengetahuan di berbagai bidang. Dengan demikian bushido tidak hanya sebagai etika keperwiraan saja melainkan juga bersinergi dengan seni dan ilmu pengetahuan. Seorang Samurai yang tangguh dan punya pengaruh besar haruslah menguasai seni perang dan bela diri serta seni-seni lain dan ilmu pengetahuan. Pada periode Edo ini kedudukan Samurai semakin kuat dan semangat bushido dijalankan oleh Samurai dengan penuh dedikasi serta diajarkan pada seluruh masyarakat.
Setelah masa isolasi yang panjang, pada tahun 1853 isolasi Jepang runtuh dengan kedatangan Komodor Perry yang memaksa Jepang untuk membuka hubungan dagang dengan Amerika. Jepang tidak kuasa menahan serangan dari kapal kapal Amerika, sehingga Jepang menandatangani perjanjian pertama antara Jepang dan Amerika, yang tujuannya memberi ijin bangsa Amerika melakukan perdagangan di Jepang. Selanjutnya perjanjian pertama antara Jepang dan Amerika semakin luas ketika pada tahun 1858, Townsend Harris (Konsul Jenderal Amerika di Jepang) memaksa Jepang memberikan hak-hak khusus kepada bangsa Amerika seperti hak dilindungi oleh militer mereka sendiri dan hak ekstrateritorial dalam bidang hukum. Setelah bangsa Amerika berhasil membuat perjanjian dengan Jepang, maka bangsa-bangsa Barat lainnya juga mendesak Jepang untuk membuat perjanjian serupa.
Keadaan ini tentu sangat tidak menyenangkan bagi Kaisar dan masyarakat Jepang. Mereka menganggap keadaan ini disebabkan oleh kelemahan pemerintahan Shogun Takugawa yang tidak dapat melindungi kekeisaran dan bangsa Jepang. Kekecewaan kaisar dan sebagian besar bangsa Jepang dimanfaatkan oleh Daimyo dari keluarga Satsuma dan Choshu untuk bertekat menumbangkan kekuasaan Shogun Tokugawa. Dengan tujuan untuk mengembalikan kekuasaan pemerintahan ke tangan Tenno, kedua kelompok daimyo tersebut dan dibantu oleh kelompok Daimyo lainnya bersatu menumbangkan kekuasaan Tokugawa yang terpusat di Edo pada tahun 1868.