1. Hubungan Bilateral Indonesia-Jepang Pra-Kemerdekaan
Ketika memasuki era feudal atau periode Sengoku, kemunculan Jepang ditandai dengan datangnya para pedagang dan misionaris Eropa pada tahun 1543 melalui kapal Portugis. Sebelum peralihan kepemimpinan diberikan kepada kaisar Meiji, penguasa Jepang pada tahun 1603 yakni Shogun Tokugawa menerapkan kebijakan berupa menutup diri (seclusion), sebagai upaya mempertahankan kekuasaanya. Sehingga pada masa itu Jepang hanya melakukan kebijakan dagang bersama VOC.
Hubungan Indonesia dan Jepang di daerah Hindia ditandai dengan datangnya imigran ilegal dan tidak terorganisis yang disebut dengan julukan kimin dari Jepang ke Indonesia.Alasan masuknya kimin ke Indonesia ini dikarenakan sikap acuh Jepang terhadap rakyatnya karena pada masa tersebut pemerintah Jepang hanya berfokus terhadap kemajuan teknologi industri. Para kimin yang masuk ke Indonesia banyak didominasi oleh perempuan.
Pada tahun 1930 hubungan Indonesia-Jepang semakin intensif terutama dalam bidang ekonomi dan industri. Keintensifan hubungan diantara keduanya ditandai dengan masuknya para pengusaha yang kemudian mendirikan cabang perusahaannya di Indonesia.
Hubungan yang awalnya baik mulai bergeser karena adanya keinginan Jepang menguasai Indonesia, potensi ladang minyak yang dimiliki Indonesia dan masa kolonialisme yang populer mengisiatif Jepang untuk merebut kekuasaan Indonesia oleh Belanda menjadi kekuasaan milik Jepang. Hingga akhirnya Jepang merayap masuk dan menerobos wilayah kekuasaan blok Amerika Serikat salah satunya Indonesia melalui wilayah Tarakan pada Januari 1942.
2. Hubungan Bilateral Indonesia Jepang Pasca Kemerdekaan
Setelah beberapa tahun renggang, terjalinnya hubungan baik Jepang dan Indonesia dimulai karena keikutsertaan Jepang dalam Konferensi San Fransisco tahun 1951 atas inisiasi Amerika Serikat. Secara khusus perjanjian San Fransisco membahas perihal pampasan perang.
Untuk menindaklanjuti perjanjian pampasan perang dan menunjang hubungan diplomatik diantara keduanya, Indonesia kemudian membuat sebuah kantor perwakilan di Tokyo dan menempatkan konsulat Jenderal di sana. Hubungan diplomatik yang intensif juga didukung dengan dibukanya jalur penerbangan antara Jepang dan Indonesia pada tahun 1963.
3. Hubungan Indonesia-Jepang pada Masa Orde Lama-Orde Baru
Sejak memasuki masa Orde Lama hingga Orde Baru, Jepang dan Indonesia mulai melancarkan hubungan diplomasi dan kerjasama mereka menjadi lebih dinamis dengan harapan kerjasama yang lebih baik dan menguntungkan.
Di era orba, Indonesia menetapkan kebijakan besar-besaran untuk investasi asing. Negara yang turut menanamkan investasinya ke Indonesia secara besar-besaran adalah Jepang. Selain itu Jepang juga memberikan berbagai macam bantuan kepada Indonesia.
4. Hubungan Indonesia dan Jepang di Era Reformasi
Hubungan Jepang dan Indonesia membaik ketika memasuki periode 1980an, dimana permasalahan seperti investasi, alih teknologi, bantuan keuangan dan perdagangan muncul sebagai isu yang populer dalam periode 1980an. Pada periode tersebut, Jepang menjadi investor asing terbanyak hingga mencapai nominal 24,8% dari total keseluruhan investasi yang masuk ke Indonesia. Nilai perdagangan yang terjadi antara Jepang dan Indonesia pada dasawarsa itu menunjukkan defisit dialami Jepang, sedangkan Indonesia cenderung surplus, pada 1989 misalnya ekspor Jepang ke Indonesia mencapai 3,3 milyar dollar AS, sangat jauh berbanding jumlah ekspor Indonesia ke Jepang yang dapat mencapai 11 Milyar dollar AS.
Selain itu, isu bantuan keuangan merupakan salah satu isu yang tidak kalah menarik pada dasawarsa tersebut. Bantuan keuangan yang terkenal oleh Jepang untuk Indonesia adalah ODA ( Official Development Assistance ). Indonesia merupakan negara penerima ODA terbesar oleh Jepang. Selain ODA, langkah yang diterapkan Jepang alih-alih untuk mempererat hubungan baik dengan Indonesia adalah proposal kerjasama ekonomi berbasis perdagangan bebas yang dikenal dengan sebutan Indonesia Japan Economic Partnership Agreement (IJEPA).
