Pengelolaan kawasan konservasi di laut sampai saat ini tidak dilaksanakan secara profesional, tidak ada pengawasan dan amburadul. Pemerintah dan Pemda lebih senang menetapkan kawasan konservasi dalam jumlah banyak, namun kenyataan menunjukkan banyak terjadi pelanggaran di kawasan konservasi tanpa adanya upaya pencegahan dan law enforcement. Sebut saja contoh kawasan perairan Komodo, masih marak penangkapan ikan dengan menggunakan bom dan potas serta perburuan ikan Napoleon. Perairan di Banda sudah ditetapkan sebagai KKLD (Kawasan Konservasi Laut Daerah), namun tidak ada manajemen dan pengawasan. Kepulauan Anambas ditetapkan sebagai KKLD dan dalam proses penetapan sebagai Taman Wisata Perairan, namun belum ada manajemen pengelolaan dan pengawasan lemah, penangkapan ikan illegal masih marak. Yang paling dekat, di Kepulauan Seribu, sebagian besar ditetapkan sebagai Taman Nasional, namun tidak ada kegiatan pengawasan yang terlihat, tidak ada patroli, meskipun ada Balai Taman Nasional Kep. Seribu sebagai UPT (Unit Pelaksana Teknis) Kementrian Kehutanan. Contoh lain pengelolaan yang tidak baik adalah Pulau Kakaban di Kaltim yang merupakan danau air tawar di tengah laut dengan spesies langka Ubur ubur, hanya ada dua di dunia, yang satunya di Republik Palau, kawasan pulau terlihat kumuh tidak ada penjaga dan lingkungan berantakan tidak tertata, padahal dapat menjadi daya tarik wisata yg luar biasa.