Tujuan utama dan sisa tanaman yang akan digunakan merupakan hal mendasar dalam mengaplikasikan pupuk hijau. Jika tujuan utama pemakaian pupuk hijau supaya memberikan hara dalam waktu yang relatif cepat maka pupuk hijau perlu dicampur atau dibenamkan. Pembenaman pupuk hijau dalam bentuk segar akan menghasilkan rasio C/N yang rendah, namun jika rasio C/N terlalu tinggi maka lebih baik dikomposkan dahulu. Contohnya tanaman Azolla sebagai pupuk hijau dapat dibuat dengan cara penanaman monokultur Azolla dan kemudian setelah umur 20 - 30 hari dibenamkan sebagai pupuk bagi bibit padi sebelum dipindahkan dari persemaian dan Azolla ditanam dimanfaatkan sebagai tanaman intercrop , kemudian padi dipindah dari persemaian.
Takaram pemberian pupuk hijau perlu memperhatikan kandungan hara yang diinginkan tersedia bagi tanaman dan kehilangan unsur hara atau dampak yang merugikan. Jumlah minimum yang dibutuhkan untuk menjaga aktivitas kehidupan tanah yaitu kra-kira 3 - 5 t/ha.
Pupuk hijau yang diolah untuk diperdagangkan biasanya memerlukan persiapan mekanis dan kimia, contohnya penjemuran, penggilingan atau pencampuran, penggranulasian, penetralan, dan pembebasan dari patogen.