Biosistematika merupakan salah satu bagian dari ilmu taksonomi, apakah yang dimaksud dengan biosistematika?
Biosistematika merupakan tiang dari ilmu taksonomi yang sering digunakan untuk menyelesaikan permasalahan-permasalahan biodiversitas sehinga masuk ke dalam ruang lingkup sistematika. Biosistematika adalah suatu cabang biologi yang mempelajari keragaman hidup yang mencakup taksonomi dan terlibat dalam rekonstruksi sejarah filogenetik . Pada dasarnya, sistematika bertujuan untuk memahami dan mendeskripsikan keanekaragaman suatu organisme, merekonstruksi hubungan kekerabatan antara organisme satu terhadap organisme lainnya, mendokumentasikan perubahan - perubahan yang terjadi selama evolusinya dan merubahnya ke dalam sebuah sistem klasifikasi yang mencerminkan evolusinya tersebut.
Biosistematika memiliki tiga tingkatan yang menyangkut taksonomi dan filogenetik yaitu : taksonomi alfa (merupakan upaya untuk menemuan, mendeskripsikan dan pemberian nama suatu individu / spesimen), taksonomi beta ( yaitu upaya penempatan suatu spesimen / individu yang sudah di tentukan nama ilmiahnya ke dalam suatu hirarki taksonomi) taksonomi gamma (merupakan studi variasi genetik dalam suatu spesies dengan tujuan melihat variasi intra-populasi sampai laju evolusi dari suatu populasi). Objek utama biosistematika bukanlah menemukan nama tumbuhan tetapi menemukan hubungan dan kedekatan suatu organisme tumbuhan dengan yang lainnya, sehingga dapat dikenali sepenuhnya kemiripan dan perbedaannya. Karakter umum yang dimiliki bersama dan karakter spesifik yang dimililki hanya oleh kelompoknya. Hasil analisis inilah yang nantinya dipakai untuk menata organisme tumbuhan teersebut kedalam tingkatan taksa sehingga menjadi lebih sistematis, berdasarkan asal usulnya, suatu organisme dikarakterisasi menjadi dua jenis asal usul, monofiletik dan non-monofiletik . Asal usul makhluk hidup dikatakan monofiletik apabila nenek moyang tunggalnya hanya menghasilkan semua species turunandalam takson tersebut dan bukan spesies takson lain sehingga anggota dari genusnya berdiri sendiri dan tidak terkait dengan species dari genus lain. Asal usul makhluk hidup dikatakan non-monofiletik apabila turunan dalam takson yang dihasilkan berasal dari nenek moyang yang berbeda.
Kekerabatan tersebut dipelajari dalam ilmu taksonomi, namun sebelum mempelajari taksonomi akan lebih baik jika kita sudah menguasai biosistematik. Hal tersebut mengingat bahwa biosistematika adalah dasar ilmu taksonomi yang membahas tentang komunikasi dan infomasi tentang biodiversitas, mengidentifikasi dan menggambarkan individu dan populasi serta menggambarkan kekerabatan diantara organisme. Hal-hal yang dilakukan dalam kegiatan ini adalah menyusun filogeni kelompok tumbuhan yang dimulai dengan menyusun tabel karakter apomorfi , dilanjutkan kladogram serta melakukan evaluasi kladogram.
Biasanya digunakan dua cara dalam mengkaji hubungan kekerabatan suatu mahluk hidup yaitu metode fenetik yang dilanjutkan dengan pembuatan fenogram dan metode kladistik yang dilanjutkan dengan pembuatan kladogram. Kladistik dibuat berdasar kesamaan sifat-sifat apomorfi.
Penyusunan filogeni tumbuhan, hal yang harus dilakukan terlebih dahulu adalah menyusun tabel karakter apomorfi dari semua kelompok tumbuhan yang akan dibuat filogeninya. Selain tabel karakter, juga harus dibuat tabel karakter numerik . Kemudian dilanjutkan dengan pembuatan kladogram yang disusun berdasarkan tabel kesamaan karakter apomorfi. Berdasarkan tabel kesamaan apomorfi tersebut dapat disimpulkan hubungan filogeni suatu tumbuhan yang digambarkan dengan kladogram. Setelah disusun kladogram, langkah selanjutnya yaitu mengevaluasi hasil kladogram terasebut. Evaluasi dilakukan dengan menghitung CI ( Consistency index ) dan RI ( Retention Index ).
Sedangkan biodiversitas adalah keanekaragaman organisme yang menunjukkan keseluruhan variasi gen, jenis, dan ekosistem pada suatu daerah. Keanekaragaman hayati melingkupi berbagai perbedaan atau variasi bentuk, penampilan, jumlah, dan sifat-sifat yang terlihat pada berbagai tingkatan, baik tingkatan gen, tingkatan spesies, maupun tingkatan ekosistem. Dengan demikian, biodiversitas merupakan bentuk keanekaragaman di antara makhluk hidup dari semua sumber termasuk di antaranya daratan, lautan, dan ekosistem akuatik lain serta kompleks-kompleks ekologis yang merupakan bagian dari keanekaragamannya, mencakup keanekaragaman di dalam spesies, di antara spesies, dan ekosistem. Biodiversitas dibedakan menjadi tiga tingkatan, yaitu biodiversitas gen , biodiversitas jenis dan biodiversitas ekosistem .
Biodiversitas tingkat ekosistem melibatkan unsur-unsur biotik dan faktor-faktor fisik yang saling berinteraksi satu dan lainnya. Biodiversitas tingkat ekosistem membentuk tingkatan jenis dan genetik dan merupakan satu kesatuan lingkungan yang terdiri dari unsur-unsur biotik (mahluk hidup) dan factor-faktor fisik (iklim, air, tanah) dan kimia (kemasaman, salinitas, dll) yang saling berinteraksi dan membentuk suatu ekosistem. Ekosistem terdiri dari perpaduan berbagai jenis dengan beragam kombinasi lingkungan fisik dan kimia yang beranekargam, maka jika susunan komponen jenis dan susunan factor fisik serta kimianya berbeda, ekosistem yang dihasilkannya pun akan berbeda pula. Dengan adanya perbedaan tersebut, maka interaksi antara mahluk hidup dengan factor-faktor lain dalam suatu wilayah akan menyusun suatu ekosistem tersendiri. Ekosistem secara alami akan berubah, yang secara proses dapat terjadi secara alami (proses penuaan alam) atau secara sengaja (perusakan oleh manusia).
Biodiversitas tingkat jenis pada ekosistem terddapat organism-organisme yang merupakan satuan-satuan tertentu yang masing-masing mempunyai batasan pasti yang disebut Jenis. Jenis merupakan suatu satuan yang dapat dikenal dari bentuk atau penampilan dan terdiri atas pengelompokan populasi-populasi atau gabungan individu yang mampu saling kawin sesamanya secara bebas ttetapi tidak mampu dengan jenis lain untuk menghasilkan keturunan. Untuk kelompok yang tidak berkembang biak secara generative, misalnya mikroorganisme, batasan jenis ditentukan oleh wilayah tempat hidup yang sama. Jenis terbentuk berdasarkan kesesuaian kandungan genetik yang mengatur sifat-sifat kebakaan dari lingkungan tempat tumbuhnya. Faktor kebakaan/susunan genetic suatu jenis diturunkan dari generasi ke generasi berikutnya. Kerangka dasar komponen genetic suatu jenis berbeda dengan jenis yang lainnya, juga gen-gen berkembang menyesuaikan dengan lingkungan hidupnya. Jenis akan mengalami penyesuaian dan perkembangan dalam jangka waktu yang lama menjadi jenis baru atau mungkin menjadi punah karena tidak bisa menyesuaikan diri.
Biodiversitas tingkatan genetika, biodiversitas tingkat genetika meliput keanekaragaman didalam spesies dan tergantung pada keanekaragaman susunan gen dalam kromosom. Dalam konteks keanekaragaman hayati, sumberdaya genetic adalah material genetic potensial atau riil yang mengandung unit-unit fungsional pewarisan sifat.