Kelompok tumbuhan, binatang, fungi, alga dan protist termasuk eukariot. Protist sebagian besar berukuran kecil yaitu organisme bersel tunggal yang tidak tepat dimasukkan ke salah satu kelompok tersebut di atas. Pohon kehidupan terakhir dari kelompok eukariot membantu kita mengerti keragaman kingdom protist. Seperti yang terlihat pada Gambar 12, binatang, tumbuhan, dan fungi melingkupi relatif kecil cabang pada pohon kehidupan eukariotik.
Istilah protist pertama kali diperkenalkan oleh Ernest Haeckel pada tahun 1866. Protist mirip-binatang adalah prozoa, dan mirip jamur (fungi) adalah jamur lendir (slime molds) dan jamur air (water molds). Protist hidup paling banyak pada lingkungan yang mengandung air. Kebanyakan protist adalah photosynthetic yang merupakan produser utama khususnya pada plankton di laut. Protist lainnya termasuk spesies patogen seperti kinetoplastid Trypanosoma brucei menyebabkan penyakit tidur dan Apicomplexan plasmodium menyebabkan malaria.
Sel eukariot dikelilingi membran plasma tunggal tidak seperti bakteri, yang biasanya mempunyai membran ganda. Gambaran paling jelas yang membedakan antara sel eukariot dengan sel prokariot adalah hadirnya membran yang melingkupi inti di dalam sel eukariot. Pada kenyataannya, sel eukariot didefinisikan sebagai sel yang mempunyai inti (dari bahasa Yunanai: eu- “true” dan karuon “nut” atau “kernel”).
Sel eukariot jauh lebih besar dibandingkan sel bakteri. Diameter sel eukariot umumnya 5-100 μm yang volumenya seratus sampai sejuta kali lebih besar dibandingkan sel bakteri. Karena ukurannya yang besar dan struktur internalnya yang kompleks diperlukan mekanisme transport yang cepat dan komunikasi yang baik di dalam sel, ke dan dari media eksternal sel eukariot. Jaringan protein fiber yang dinamakan cytoskeleton menghubungkan seluruh sel. Cytoskeleton berkontribusi pada bentuk sel dan pengelolaan lalu lintas di dalam sel. Cytoskeleton terdapat di dalam sitoplasma.
Hampir semua sel eukariot mengandung membran internal tambahan yaitu ruang bermembran tertutup yang dinamakan organel bermembran. Organel yang tidak bermembran adalah ribosom. Fungsi spesifik organel sel sering erat hubungannya dengan struktur dan sifat fisikanya. Proses reaksi biokimia spesifik terjadi pada setiap organel sel. Organel bebas termasuk inti sel, mitokondria dan kloroplast ditanam di dalam sistem membran yang melingkupi keseluruhan sel.
Material mengalir bergerak di dalam jalur yang dibatasi oleh dinding membran dan pipa kecil (tubules). Lalu lintas material intraseluler antar ruang cepat, sangat selektif dan diregulasi ketat. Karakteristik sel eukariot adalah mempunyai inti dan organel sel. Organel sel bermembran tertutup bervariasi dengan fungsi spesifik seperti mitokondria, endoplasmik retikulum, kompleks Golgi, peroxisome dan lisosom.
Sebagai tambahan pada sel tumbuhan terdapat vacuole dan kloroplast. Pada sitoplasma kebanyakan sel juga terdapat granula yang mengandung nutrien penyimpan seperti pati, glikogen dan lemak. Organel ini dapat dipisahkan dari sitosol dan komponen sel lainnya dengan sentrifugasi. Sel tumbuhan dan sel hewan mempunyai sebuah inti sel, mitokondria dan cytoskeleton. Sel tumbuhan sering dikelilingi oleh dinding sel yang kaku. Kloroplast juga ditemukan di dalam algae dan beberapa protist. Kebanyakan dinding sel tumbuhan tersusun dari selulosa. Kebanyakan eukariot multiseluler mengandung jaringan. Kelompok sel yang mirip di dalam jaringan dikelilingi oleh matriks ekstraseluler yang mengandung protein dan polisakarida. Matriks secara fisik mendukung jaringan dan beberapa kasus mendukung pertumbuhan dan pergerakan sel. Struktur sel hewan, sel tumbuhan dan sel prokariot.