Jika koi berada di dalam air yang kotor, kondisinya menjadi rawan terhadap gangguan penyakit yang disebabkan oleh parasit dan bakteri. Air yang kotor juga menyebabkan koi menjadi gampang stres, akibatnya daya tahan tubuhnya bisa menurun.
Pemberian pakan yang terlalu banyak kandungan protein pada suhu air kolam yang rendah menyebabkan kulit ikan koi mengalami iritasi, dan infeksi bakteri pada pembuluh darah. Inilah yang dikenal dengan penyakit lumpur. Keadaan tidak sehat ini dapat kembali normal jika air diganti dengan air baru dan bersih. Agar keadaan ikan koi dapat segera pulih, gunakan garam dapur konsetrasi 10% untuk merendam ikan koi. Biarkan selama satu jam ikan di dalam air garam.Cara lain mengatasi penyakit lumpur adalah memberikan pakan ikan koi yang dicampur beberapa tetes Merchurochrome dan satu sendok Aureomycin. Pada saat proses penyembuhan, pakan ikan koi sebaiknya menggunakan selada atau kubis. Fungsinya, mengembalikan kondisi dari lambung ikan.