Memasuki awal tahun 1990-an, di bawah Mendikbud Fuad Hasan kebijakan NKK/BKK dicabut dan sebagai gantinya keluar Pedoman Umum Organisasi Kemahasiswaan (PUOK). Melalui PUOK ini ditetapkan bahwa organisasi kemahasiswaan intra kampus yang diakui adalah Senat Mahasiswa Perguruan Tinggi (SMPT), yang didalamnya terdiri dari Senat Mahasiswa Fakultas (SMF) dan Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM). Di kalangan mahasiswa secara kelembagaan dan personal terjadi pro kontra, menanggapi SK tersebut. Oleh mereka yang menerima, diakui konsep ini memiliki sejumlah kelemahan namun dipercaya dapat menjadi basis konsolidasi kekuatan gerakan mahasiswa. Argumen mahasiswa yang menolak mengatakan, bahwa konsep SMPT tidak lain hanya semacam hidden agenda untuk menarik mahasiswa ke kampus dan memotong kemungkinan aliansi mahasiswa dengan kekuatan di luar kampus.
Dalam perkembangan kemudian, banyak timbul kekecewaan di berbagai perguruan tinggi karena kegagalan konsep ini. Mahasiswa menuntut organisasi kampus yang mandiri, bebas dari pengaruh korporatisasi negara termasuk birokrasi kampus. Sehingga, tidaklah mengherankan bila akhirnya berdiri Dewan Mahasiswa di UGM tahun 1994 yang kemudian diikuti oleh berbagai perguruan tinggi di tanah air sebagai landasan bagi pendirian model organisasi kemahasiswaan alternatif yang independen.
Dengan dihidupkannya model-model kelembagaan yang lebih independen, meski tidak persis serupa dengan Dewan Mahasiswa yang pernah berjaya sebelumnya, upaya perjuangan mahasiswa untuk membangun kemandirian melalui SMPT menjadi awal kebangkitan kembali mahasiswa ditahun 1990-an. Salah satu usaha kalangan mahasiswa yang cukup berhasil ialah Musyawarah Besar (Mubes) pimpinan Senat Mahasiswa se-Jakarta di IKIP Jakarta pada tanggal 23 Maret 1996 dengan mendirikan Forum Komunikasi Senat Mahasiswa se- Jakarta. Organisasi yang juga memiliki hubungan kultural dengan keberadaan Forum Komunikasi Pers Mahasiwa Jakarta (FKPMJ) dan Forum Komunikasi Mahasiswa Islam Jakarta (FKMIJ) ini, lahir dari perjalanan panjang pertemuan aktivis senat mahasiswa se-Indonesia di era tahun 90-an.
Pada 1990-an lahir suatu deklarasi mahasiswa Indonesia yang redaksionalnya mirip dengan Sumpah Pemuda. Antara lain deklarasi itu berbunyi:
- Kami mahasiswa Indonesia menjunjung tinggi kebenaran dan bertekad membebaskan rakyat Indonesia dari ketidakadilan.
- Kami mahasiswa Indonesia setia dan rela berkorban pada kepentingan rakyat Indonesia dari ketidakadilan.
- Kami mahasiswa Indonesia sementara berjuang dengan landasan solidaritas utuh.
Pada akhir tahun 1980-an hingga awal tahun 1990-an demonstrasi mahasiswa mulai mengeras. Beberapa di antaranya akhirnya memakan korban. Pada bulan Agustus 1989 terjadi penangkapan terhadap aktivis mahasiswa bernama Bambang Beathor Surjadi. Ia dipersalahkan, karena menyebarkan pamflet dan mengorganisasi demonstrasi yang menentang kenaikan tarif listrik. Pada tanggal 14 Desember 1993 Front Aksi Mahasiswa Indonesia (FAMI) melakukan unjuk rasa di depan Gedung DPR dengan isu Soeharto harus bertanggung jawab terhadap penyelewengan HAM. Pemerintah bereaksi keras atas aksi itu. Sebanyak 21 mahasiswa ditangkap dan dihukum 8 bulan hingga 14 bulan, diantaranya Nuku Soelaiman dan Yenny Rosa Damayanti, padahal sebelumnya vonis hanya 6 bulan.
Antara tahun 1994-1998 rezim Orde baru sepertinya mengumpulkan banyak lawan dan mengulangi kesalahan yang dilakukan oleh Soekarno dahulu, dengan rezim Orde Lama. Pembredelan tiga media, Tempo, Editor dan Detik pada pertengahan 1994 membuat Orde Baru mendapat lawan baru dari kaum jurnalis. Mahasiswa memanfaatkan momentum ini untuk melakukan unjuk rasa menuntut pembatalan Surat Izin Usaha Penerbitan Pers (SIUPP). Sejumlah aliansi gerakan pemuda dan mahasiswa terbentuk. Agak aneh juga ketika demonstrasi ini ditandingi oleh Forum Pemuda Pers Pancasila yang mendukung kebijakan pemerintah.
Gerakan mahasiswa dekade 90-an mencapai klimaksnya pada tahun 1998, diawali dengan terjadinya krisis moneter di pertengahan tahun 1997 harga-harga kebutuhan melambung tinggi, daya beli masyarakat pun berkurang. Mahasiswa pun mulai gerah dengan penguasa Orde Baru, tuntutan mundurnya Soeharto menjadi agenda nasional gerakan mahasiswa. Gerakan mahasiswa Indonesia 1998 adalah puncak gerakan mahasiswa tahun sembilan puluhan yang ditandai tumbangnya Orde Baru dengan lengsernya Soeharto dari kursi kepresidenan, pada tanggal 21 Mei 1998.
Berbagai kesatuan aksi di berbagai daerah muncul untuk menentang rezim Soeharto. Di Aceh terbentuk Solidaritas Mahasiswa Untuk Rakyat (SMUR). Di Medan muncul Aliansi Gerakan Reformasi Sumatera Utara (AGRESU), Dewan Mahasiswa untuk Demokrasi (DEMUD). Di Bandung lahir Forum Komunikasi Mahasiswa Bandung (FKMB), Front Indonesia Muda Bandung (FIM B), Front Aksi Mahasiswa Unisba (FAMU), Gerakan Mahasiswa Indonesia Untuk Perubahan (GMIP), Komite Pergerakan Mahasiswa Bandung (KPMB), Front Anti Fasis (FAF), Keluarga Mahasiswa ITB (KM ITB), dan Komite Mahasiswa Unpar (KM Unpar). Di Jakarta lahir Kesatuan Aksi Mahasiswa Muslim Indonesia (KAMMI), Forum Komunikasi Senat Mahasiswa se-Jakarta (FKSMJ), Forum Komunitas Mahasiswa se-Jabotabek (FORKOT), Front Nasional, Himpunan Mahasiswa Islam Majelis Penyelamat Organisasi (HMI MPO). Di Bogor ada Keluarga Besar Mahasiswa - Institut Pertanian Bogor (KBM-IPB). Di Yogyakarta ada Solidaritas Mahasiswa Untuk Kedaulatan Rakyat (SMKR), Komite Perjuangan Rakyat untuk Perubahan (KPRP), Forum Komunikasi Mahasiswa Yogyakarta (FKMY), Persatuan Perjuangan Pemuda Yogyakarta (PPPY), Front Aksi Mahasiswa Peduli Rakyat (FAMPERA), dan Liga Mahasiswa Muslim Yogyakarta (LMMY).
Di Solo, Bali, Malang, dan Surabaya juga lahir puluhan kesatuan aksi yang konsisten menentang kebijakan dan keberadaan rezim Soeharto. Gerakan yang menuntut reformasi dan dihapuskannya “KKN” (Korupsi, Kolusi dan Nepotisme) pada 1997-1998 ini, harus berhadapan dengan berbagai tindakan represif yang menewaskan 4 aktivis mahasiswa Trisakti. Peristiwa Gejayan, Tragedi Trisakti, Tragedi Semanggi I dan II , Tragedi Lampung adalah bukti lainnya upaya represif Soeharto untuk meredam gerakan ini. Setelah bergulirnya reformasi pada tahun 1998, pergerakan mahasiswa dihadapkan pada pluralitas gerakan yang sangat tinggi. Mahasiswa pada saat ini memiliki garis perjuangan dan agenda yang berbeda dengan mahasiswa lainnya.
Gerakan mahasiswa di setiap masa berkaitan dengan peristiwa penting yang menyebabkan mahasiswa terdorong dan terpanggil untuk menunjukkan perannya dalam peristiwa tersebut. Gerakan mahasiswa 1998 muncul untuk menentang keberadaan rezim yang dianggap tidak lagi berpihak kepada kepentingan rakyat, korup dan otoriter. Munculnya gerakan mahasiwa 1998 bukan tiba-tiba, tetapi melalui proses panjang terkait dengan gerakan-gerakan mahasiswa sebelumnya.