Musium ini teletak di Street 113 dan 350, Phonm Prnh. Musium ini memiliki cerita masa lalu yang begitu pedih. Pada bulan Agustus 1975, gedung ini terdiri dari 4 unit bangunan sekolah. Lalu dialih fungsikan menjadi penjara dan pusat interogasi, yang dinamakan Security Prison 21(S-21). Gedung ditutupi dengan kawat berduri yang dialiri listrik. Ruang kelas diubah menjadi penjara dan ruang penyiksaan. Sekitar tahun 1975-1979, ada sekitar 17000 orang yang ditahan. Mereka disiksa agar mengakui bahwa mereka adalah musuh negara dan mereka harus menyebutkan nama-nama yang mereka kenal yangdianggap sebagai musuh rezim Khmer Merah.
menurut artikel yang saya baca, museum ini adalah merupakan bangunan sekolah menengah atas bernama Ponhea Yat. Semasa pemerintahan Lon Nol, nama sekolah diubah menjadi Tuol Svay Prey High School. Setelah kekuasaan di Kamboja jatuh ke tangan Pol Pot, pada tahun 1975 sekolah ini diubah menjadi sebuah penjara tempat interogasi dan penyiksaan tahanan yang dituduh sebagai musuh politik Khmer Merah. Pada masa itu, penjara ini merupakan penjara terbesar di Kamboja dengan tembok seng berlapis dan dilingkari kawat berduri yang padat. Penjara ini dikenal dengan sandi rahasia “S. 21” (Security Office 21). Jika dari depan, bangunan museum ini (yang juga sebagai bangunan penjara) berbentuk huruf U dan memiliki empat gedung. Masing-masing gedung terdiri dari tiga lantai.
Apa yang dilakukan oleh para penjaga penjara yang juga adalah serdadu Khmer Merah jauh di luar ambang waras pikiran manusia normal, brutal, keji dan biadab. Para serdadu penjaga penjara dan juga pengurus penjara ini berhasil dicuci otaknya untuk menyiksa dan membunuh tahanan dengan tanpa rasa bersalah dan penyesalan sedikitpun. Bahkan diantara para tahanan tersebut adalah orang tua dan saudara kandung mereka sendiri. Perasaan seram mulai membayangi manakala kita memasuki ruangan di lantai satu Gedung A tersebut. Pada setiap ruangan kita akan menemukan tempat tidur besi lengkap dengan batangan dan kalung kaki besi serta satu kotak terbuat dari seng. Sementara di dinding terpajang sebuah figura foto asli salah seorang korban yang disiksa di atas tempat tidur tersebut. Di atas tempat tidur inilah para tahanan dipukul dan disiksa dengan benda tumpul selain senjata. sangat menarik untuk dibahas.