Metoda aseptik merupakan syarat utama jika bekerja dengan mikroorganisme. Pada prinsipnya bekerja aseptik adalah bekerja dengan teknik steril. Tujuan aseptik adalah agar suatu mikroorganisme tidak terkontaminasi oleh jenis mikroorganisme lain. Mikroorganisme lain tersebut merupakan ‘kontaminan’.
Mikroorganisme kontaminan hanya dapat dihindari dengan teknik aseptik yang benar. Setiap langkah pekerjaan aseptik diusahakan tidak membawa mikroorganisme jenis lain selain mikroorganisme yang diinginkan. Untuk mencapai tujuan ini semua peralatan, bahan-bahan, termasuk media pertumbuhan, air, meja kerja dan tangan harus disucihamakan.
Beberapa metoda untuk mensucihamakan antara lain adalah sterilisasi. Pada sterilisasi, semua peralatan dan bahan-bahan yang tidak rusak sampai suhu 121ºC disucihamakan dengan pengukusan pada suhu 121ºC selama 15 sampai 20 menit menggunakan autoclave. Sterilisasi dapat juga dilakukan secara kering yang dinamakan dry-heat sterilized yang dilakukan dalam oven pada suhu 160-170ºC. Meja kerja, tangan, dan beberapa peralatan tertentu disucihamakan dengan alkohol teknis 70%. Selama bekerja aseptik, pekerjaan selalu dilakukan di dekat api dengan jarak sekitar 10 cm.
Hal penting yang perlu diperhatikan pada pekerjaan aseptik adalah meja kerja selalu dalam keadaan bersih, peralatan, dan bahan-bahan yang digunakan dalam keadaan bersih. Semua peralatan dan bahan-bahan tersebut diletakkan di atas meja kerja dengan teratur dan rapi. Jika memindahkan media kultur dari satu wadah ke wadah lain, penutup masing-masing wadah dibuka dalam waktu sesingkat mungkin di dekat api. Sebaiknya penutup wadah tersebut tidak ditaruh di atas meja, tetapi tetap dipegang di antara jari.
Media merupakan makanan mikroorganisme yang dinamakan juga media kultur. Media ini berguna untuk tumbuh dan berkembangnya mikroorganisme. Media kultur dapat dibuat padat atau cair yang keduanya dibedakan hanya oleh agar yang ditambahkan pada media padat. Media kultur dapat ditempatkan pada tabung reaksi (tube) atau petri plate (petri disk). Berdasarkan wadah dan wujud media dikenal broth tube (media cair dalam tabung reaksi sekitar 3 mL, agar miring (media padat pada tabung reaksi sekitar 6 mL), agar dalam (media padat pada tabung reaksi sekitar 10 mL) dan agar plate (media padat sekitar 15-20 mL pada petri plate. Media padat dengan komposisi tertentu pada petri plate dapat digunakan untuk memperoleh kultur murni suatu mikroorganisme. Kultur murni dinamakan juga biakan murni.
Teknik yang dapat digunakan untuk memperoleh kultur murni suatu bakteri adalah gabungan streak-plate technique dan spread-plate technique. Spread-plate technique digunakan juga untuk menghitung jumlah bakteri pada volume tertentu kultur murni. Penyediaan kultur murni suatu bakteri/mikroorganisme, tanpa terkontaminasi dengan mikroba lain dengan streak-plate technique adalah langkah awal yang sangat penting dalam pekerjaan molekular seperti perbanyakan fragmen DNA tertentu secara in vitro menggunakan Polymerase Chains Reaction (PCR) dengan DNA genom bakteri/ mikroorganisme sebagai templatenya.
Kedua teknik ini akan menghasilkan koloni bakteri pada permukaan media padat. Koloni bakteri merupakan onggokan bakteri yang pada awalnya berasal dari satu sel bakteri. Onggokan bakteri tersebut demikian besarnya sehingga kita dapat melihatnya dengan mata telanjang (tanpa alat bantu penglihatan). Satu koloni bakteri dapat mengandung lebih dari 10 juta (107) sel bakteri. Setiap koloni bakteri menunjukkan karakteristik tertentu.
Karakteristik koloni bakteri meliputi:
| Bentuk koloni | Punctiform, Circular, Filamentous, Irregular, Rhizoid, Spindle |
| Elevasi koloni | flat, Raised, Convex, Pulvinate, Umbonate |
| Margin koloni | Entire, Undulate, Lobate, Erose, Filamentous, Curled |
| Penampakan koloni | mengkilat atau kusam |
| Sifat optikal koloni | buram, tembus cahaya, transparan |
| Pigmentasi koloni | ungu, merah, kuning. Tidak berpigment : cream, coklat, putih. |
| Tekstur koloni | halus, kasar |
Pada gambar di bawah terdapat koloni berwarna putih dan koloni berwarna merah. Pada gambar b dapat disimpulkan bahwa pada petri tersebut terdapat dua jenis bakteri atau dua isolat bakteri (koloni cream dan koloni berpigmen berwarna merah), sedangkan pada gambar a terdapat satu jenis bakteri (koloni berwarna putih). Pada gambar a adalah koloni bakteri yang berasal dari sumber air panas Bukik Kili Solok. Bakteri tersebut telah diskrining dan dibiakkan dengan teknik streak-plate sehingga diperoleh bentuk dan warna koloni seragam. Dengan demikian, bakteri pada petri a adalah kultur murni.
Pada gambar di bawah diperlihatkan koloni bakteri Photobacterium yang dihasilkan dengan teknik streak-plate (Gambar 7a). Bakteri Photobacterium merupakan ‘biolumenescent’ yaitu bakteri yang dapat memancarkan cahaya seperti kunang-kunang. Koloni tunggal bakteri ini berukuran sekitar 2 mm yang mengandung lebih dari 10 juta sel (107). Gambar c adalah foto SEM (Scaning electron micrograph) satu koloni bakteri Photobacterium.
