Setelah berhasil lolos dari labirin, Thomas dan teman-temannya dipindahkan. Ketika menyadari adanya ancaman bahaya, mereka melarikan diri dan sampailah di area asing - panas terik tak berpenghuni. tempat perlindungan mereka diserang zombie akibat wabah “The Flare”. Mereka menemukan ilmuwan dari organisasi WICKED, yang menciptakan percobaan menermukan obat untuk Flare.
pada series kedua film The Maze Runner ini saya merasa biasa aja, tidak jelek dan juga tidak bagus. Karena pada series kedua ini lebih banyak menontonkan zombie