Cara penanggulangan penyakit ikan dengan menggunakan obat-obatan kimiawi ataupun alami dapat dilakukan di dalam bak (tank treatment) maupun di kolam atau tambak (pond treatment).
Metode pengobatan ikan sakit dalam jangka waktu tak terbatas (indefinite treatment) umumnya dipakai untuk pengobatan di kolam, tambak, atau bak-bak yang berukuran besar. Bahan kimia yang digunakan dalam dosis yang rendah untuk jangka waktu yang lama dan dibiarkan berkurang atau bereaksi dengan sendirinya. Salah satu metode pengobatan yang digunakan adalah penyuntikan.
Pengobatan melalui penyuntikan biasanya dilakukan untuk ikan-ikan yang berukuran besar atau induk-induk ikan. Penyuntikan dapat dilakukan dengan dua cara, yaitu intra peritoneal (IP) atau penyuntikan dilakukan pada bagian belakang dari rongga perut dan tepat di depan sirip perut (diusahakan agar tidak melukai organ internal ikan) serta intra muscular (IM) atau penyuntikan yang dilakukan pada bagian tengah otot punggung dekat sirip punggung (kurang lebih tiga sisik di bawah ujung belakang sirip punggung), pada otot di bawah sirip dada, atau di samping anus.
Perlakuan pada pakan dapat digunakan sebagai media pengobatan ataupun peningkatan respon imun ikan. Obat atau imunostimulan dicampurkan ke dalam pakan sesuai dengan dosis sesaat sebelum makanan diberikan. Selain pakan, treatment lainnya adalah penyemprotan dimana penanggulangan penyakit dengan penyemprotan menggunakan bahan kimia, seperti pestida. Pengobatan dengan pestida ini hanya dilakukan sebagai cara terakhir, setelah cara yang lain tidak yang efektif. Beberapa media pengobatan ataupun imunostimulan sudah sering digunakan, terutama berasal dari bahan kimiawi. Meskipun demikian, obat-obat dan imunostimulan alami sudah mulai dikembangkan sebagai alternatif metode pengobatan maupun sebagai imunostimulan yang aman dan ramah lingkungan.