Pencemaran merkuri sangat berbahaya bagi manusia. Manusia yang keracunan merkuri, apalagi bila kondisinya sudah akut akan dapat menyebabkan kerusakan perut dan usus, gagal kardiovaskular (jantung dan pembuluhnya), dan gagal ginjal akut, dapat menyebabkan kematian.
Salah satu cara yang dapat dilakukan, dan telah dilakukan Negara Swedia, yaitu menggunakan metode dekontaminasi merkuri. Metode dilakukan dengan cara menutupi sedimen pada dasar pantai, sungai atau danau dengan bahan-bahan yang mempunyai kemampuan absorpsi tinggi. Adapun sedimen itu ada pada dasar pantai, sungai atau danau yang ditutupi dengan bahan anorganik yang tidak bereaksi.
Cara yang lain adalah dengan cara mengeruk atau memompa sedimen yang mengandung merkuri.
Rekomendasi EPA (Environmental Protection Agency) bahwa semua industri yang menggunakan merkuri harus membuang limbah industrinya dengan terlebih dahulu mengurangi jumlah merkuri sampai batas normal.
Teknologi mengolah limbah yang dapat digunakan adalah dengan sistem Phytoremediasi, menggunakan tanaman sebagai alat pengolah bahan pencemar. Pada limbah padat atau cair yang akan diolah, ditanami dengan tanaman tertentu yang dapat menyerap, mengumpulkan, mendegradasi bahan-bahan pencemar tertentu yang terdapat di dalam limbah tersebut.
Banyak istilah yang diberikan pada sistem ini sesuai dengan mekanisme yang terjadi pada prosesnya.
Phytostabilization: polutan distabilkan di dalam tanah oleh pengaruh tanaman. Phytostimulation: akar tanaman menstimulasi penghancuran polutan dengan bantuan bacteri rhizosphere
Phytodegradation: tanaman mendegradasi polutan dengan atau tanpa menyimpannya di dalam daun, batang atau akarnya untuk sementara waktu. Phytoextraction: polutan terakumulasi dijaringan tanaman terutama daun.
Phytovolatilization: polutan oleh tanaman diubah menjadi senyawa yang mudah menguap sehingga dapat dilepaskan ke udara. Rhizofiltration: polutan diambil dari air oleh akar tanaman pada sistem hydroponic.
Proses remediasi polutan dari dalam tanah atau air terjadi karena jenis tanaman tertentu dapat melepaskan zat carriers yang biasanya berupa senyawaan kelat, protein, glukosida yang berfungsi mengikat zat polutan tertentu kemudian dikumpulkan dijaringan tanaman misalnya pada daun atau akar. Keunggulan sistem phytoremediasi diantaranya ialah biayanya murah dan dapat dikerjakan insitu, tetapi kekurangannya diantaranya ialah perlu waktu yang lama dan diperlukan pupuk untuk menjaga kesuburan tanaman, akar tanaman biasanya pendek sehingga tidak dapat menjangkau bagian tanah yang dalam.
Yang perlu diingat ialah setelah dipanen, tanaman yang kemungkinan masih mengandung polutan beracun ini harus ditangani secara khusus.