Indonesia merupakan salah satu dari tiga negara terbesar yang memiliki keanekaragaman flora dan fauna. Satwa Indonesia memiliki keanekaragaman yang tinggi karena wilayahnya yang luas dan berbentuk kepulauan tropis[1]. Keanekaragaman yang tinggi ini disebabkan oleh Garis Wallace, membagi Indonesia menjadi dua area yaitu zona zoogeografi Asia, yang dipengaruhi oleh fauna Asia, dan zona zoogeografi Australasia, dipengaruhi oleh fauna Australia.
Kepulauan Indonesia letaknya menjadi satu dari batas geografis penyebaran hewan yang paling luar biasa di dunia, merujuk balik ke zaman es ketika banjir besar melanda dunia. Pada zaman es, Jawa, Sumatera , Kalimantan terletak pada dataran Sunda serta menyatu dengan lainnya ke dataran benua Asia, sedangkan Papua dan benua Australia terletak pada sahul tersendiri pada zaman tersebut. Segresi geografis tersebut menjelaskan mengapa beberapa spesies fauna purba ditemukan di Jawa, Sumatera dan Kalimantan sama sekali berbeda dengan yang berada di Papua. Sama seperti juga beberapa binatang liar yag ada di Papua tidak ditemukan di daerah lain.
Daerah di antara dua patahan (Maluku, Sulawesi, dan kepulauan Sunda kecil) mempunyai jenis kekayaan fauna yang unik. Bagian terbesar dari fauna daerah tidak ditemukan di Sulwesi, meskipun hanya berjarak 50 km dari kalimantan menyeberang selat makasar, dan pulau-pulau, seperti Seram dan Halmahera, yang terdekat dengan papua sebagian besar tidak memiliki fauna. Hal ini disebabkan hadirnya sebuah selat yang dalam antara Kalimantan dan Sulawesi serta dalamnya laut Banda sehingga kelompok pulau-pulau tidak pernah saling berhubungan satu sama lainnya pada zaman es. Para ilmuwan menggambarkan situasi ini ke dalam tiga era fauna: Wallace ( era pergeseran dari selatan menuju utara lewat selat Lombok dan Makasar, berakhir hingga tenggara Filipina), Weber (era pergeseran dan melewati lautan antara Maluku dan Sulawesi) dan Lydekker (era pergeseran daerah tepi sahul , yang menyusuri perbatasan barat Papua dan benua Australia)- meskipun sebagian dari mereka lebih suka mengkarakteristikkanya daerah tersebut sebagai sebagai ?subtractible transition zone?
Informasi yang diperoleh dari catatan paleontology menyatakan bahwa jumlah spesies ynag diketahui pada hari ini lebih sedikit dari masa lalu. Punahnya sebagian spesies binatang tersebut kemungkinan terjadi karena kelaziman proses ekologi dan proses evolusi terkait dengan berbagai faktor kenaikan batas air laut, perubahan iklim dan habitat. Sebagai contoh, di Jawa, setidaknya lebih dari 75 spesies mamalia yang diketahui sebagai fosil, 35 telah punah, 20 masih selamat dan 20 lainnya punah di jawa akan tetapi masih ditemukan di tempat lain di asia. Proses kepunahan binatang di pulau jawa pada akhir-akhir ini terkait dengan pengaruh manusia terhadap ekosistem yang ada.
Orang utan (pongo pygemaeus), ditemukan hanya di Sumatera dan Kalimantan, sangat bergantung sekali terhadap habitat hutan asalnya. Oleh sebab itu untuk melindungi habitat mereka, Indonesia bekerjasama dengan World Wildlife Fund (WWF) telah mendirikan Proyek ?Rehabilitasi Orang Utan? di kawasan Bahorok dan Tanjung Puting, khususnya di Sumatera dan Kalimantan, untuk melatih kembali orang utan yang pernah tertangkap agar bisa kembali hidup di alam bebas.
Komodo (Varanus komoensis) adalah kadal terbesar di dunia, mencapai panjang hingga 2 dan 3 meter, berasal dari kelompok cara satwa komodo, melingkupi pulau komodo, padar dan rinca, di timur pulau jawa, di bagian pantai barat pulau flores.
Dikarenakan terisloasi secara geografis dari daratan lain selama jangka waktu yang cukup lama bila dibandingkan dengan pulau-pulau besar lainnya, Sulawesi memiliki kelompok fauna yang unik melingkupi spesies endemi dan variasinya. Babirusa (Babyroussa) dan anoa, banteng kecil yang menghuni hutan masuk ke dalam binatang endemi sulawesi yang menarik. Binatang endemi mamalia sulawesi lainnya yang menarik
adalah musang besar (Macrogalidia musschenbroeki), musang terbesar di antara musang lainnya, kelompok spesies tarsier (Tarsius spectrum) dan bentuk lainnya dari makau sulawesi (Cynopithecus niger).
Di antara banyaknya spesies burung di Sulawesi, dua spesies burung megapode, unggas maleo dan shrubhen sulawesi adalah yang sangat menarik. Daerah papua dan maluku sangat kaya dengan aneka ragam burung berwarna, mulai dari kasuari bersuara indah yang tidak terbang (casuarius) hingga burung-burung berbulu bersinar dari keluarga burung Paradiseidae dan Ptilinorhynhidae (kesemuanya lebih dari 40 spesies) serta sejumlah keluarga burung beo
Anggota lainnya dari fauna timur adalah burung enggang keluarga Bucerotidae, yang terkenal karena keindahan paruh dengan kaki yang kurus, gajah (elephas indicus), menjelajahi hutan-hutan kalimantan dan sumatera, harimau sumatera (panthera tigris sumatrae), serta sejumlah kecil harimau jawa (panthera tigris sondaica) yang tersisa macaquel mentawai dan monyet mentawai (macoca pagensis dan prebystis potenziani) hanya ditemukan di pulau mentawai, di sebelah barat pantai sumatera, sejumlah kecil badak bercula satu (rhinoceros sondaicus) hanya ditemukan di cagar alam ujung kulon, jawa barat.
Selain itu semua masih banyak hewan menarik lainnya, seperti banteng (boss javanicus), kanguru pohon (dorcopsis mulleri) dari papua, lumba-lumba air tawar (orcaella brevirostris) dari sungai mahakam di kalimantan dan monyet proboscis yang juga dari kalimantan. Sebagai tambahan masih banyak variasi menawan lainnya dari jenis burung seperti bangau, pekakak, elang, rajawali, dan banyak lainnya, ribuan spesies serangga, kura-kura darat serta berbagai macam jenis lainnya dari kadal dan ular, berikut spesies eksotis dari ikan, udang, kerang dan macam araga binatang air lainnya yang hidup baik di air tawar maupun asin.