Setelah berhasil lolos dari labirin, Thomas dan teman-temannya dipindahkan. Ketika menyadari adanya ancaman bahaya, mereka melarikan diri dan sampailah di area asing - panas terik tak berpenghuni. tempat perlindungan mereka diserang zombie akibat wabah “The Flare”. Mereka menemukan ilmuwan dari organisasi WICKED, yang menciptakan percobaan menermukan obat untuk Flare.
Saat Thomas menyadari bahwa ini kamp ini bukanlah tempat perlindungan melainkanmasih merupakan operasi dari Wicked. Tak mau dirinya menjadi objek ‘panen’, ia dan teman-temannya pun mencari cara untuk melarikan diri. Tapi mereka juga tahu bahwa diluar sana ia setiap waktu bisa menjadi santapan empuk Crank.